第二阶段： 污泥驯化工作进入第二阶段后，监控溶解氧的同时，应开始监测活性污泥的30分钟沉降比(SV)和营养物质参数。 在进行监测活性污泥沉降比的过程中可以发现在此阶段的前几天泥水混合物的颜色几乎同进水的颜色相同，随着曝气时间的增加，泥水混合物的颗粒变大，沉降性能变好，并且颜色逐渐变为黑褐色。 在此阶段中活性污泥沉降比可达到20%。检测营养物质的目的是为微生物的生长提供条件，在活性污泥驯化的过程中营养物质的参数BOD：N：P应控制在100：5：1左右，若不能达到此参数应投加营养物质进行调节。

第四阶段： 该阶段的目的是记录运行参数，即活性污泥30分钟沉降比(SV)、生物镜检、污泥回流比和剩余污泥排放量等关键控制参数。 为系统的正常运行提供参考。当进水浓度较低、污泥生长情况较差的情况下应增加污泥回流比，同时当污泥膨胀等情况发生时应减小污泥回流比。 在污泥驯化的该阶段和以后系统正常运行的过程中应严格控制污泥回流比，如果没有保证污泥回流比，可能会出现以下现象： 没有足够的活性污泥来处理污染物。这种情况通常出现在系统启动的前一到两个星期;若污泥回流比较小，导致污泥在沉淀池中停留时间较长，污泥在二沉池中发生厌氧反应，可能会出现上浮和臭味； 污泥在二沉池中形成较厚的泥层，可能导致出水悬浮固体浓度较高； 当有足够的溶解氧浓度的情况下，活性污泥在生物处理池中将产生硝化反应，可能会导致沉淀池中发生反硝化反应导致污泥量增加。 污泥驯化的第四阶段结束后及污泥驯化工作完成后，活性污泥各运行参数都应在设计控制范围内并相对稳定。